El puerto se ubica en el Estado de Chiapas, al Este colinda con Guatemala, al Oeste con Oaxaca, al Norte con Tabasco, al Sur con el Océano Pacifico y al Noroeste con Veracruz. A 43 kilómetros del Puerto se encuentra la frontera entre México y Guatemala conocida como Suchiate II, el cual permite el intercambio de mercancías entre el Sureste mexicano y Centroamérica, a través de la carretera interestatal 200; que lo comunica con las principales ciudades del Estado y el País.

Puerto Chiapas se enlaza por la carretera Federal 220 con la segunda ciudad más importante de Chiapas, Tapachula de Córdova y Ordoñez a una distancia de 27 km, así mismo, con el aeropuerto Internacional de Tapachula el cual se localiza a 10 km del Recinto Portuario.